应该说，董氏奇穴是传统中医这块土壤中长出的一朵奇葩，与十四经穴相映成趣，其理论渊源与《内经》一脉相承。因其源于民间，集数十代人智慧之大成，所以临床应用更重实效性，因此在取穴、针法、诊法、理论及治疗方面又有其独到之处，可与传统针灸相互印证。现择其要者举述如下：
取穴规律
董氏奇穴号称740穴，真正公开的尚不足200穴。分布在手指（一一部位）、手掌（二二部位）、前臂（三三部位）、上臂（四四部位）、足趾 (五五部位）、足背(六六部位）、小腿（七七部位）、大腿（八八部位）、双耳 (九九部位)、头面 (十十部位）以及前胸、后背等12个部位，脉络清晰，有章可循。
(1) 贴骨分布：董氏奇穴多近骨缘分布，讲究贴骨进针。现代研究表明，针刺效应与骨膜传导有关，董氏奇穴讲究贴骨针刺，针感强，疗效显著。如妇科、还巢二穴贴骨进针，治疗久年不孕有特效；灵骨、大白治疗偏瘫及坐骨神经痛，贴骨缘进针。董氏奇穴在治疗久病，重病及病位在骨的疾患时．多贴骨取穴。
(2) 穴位组合：董氏奇穴多以组合穴应用。如胸腹及后背穴位，均以组合穴出现，多用刺血针法，取穴灵活，安全有效。再如驷马穴、上三黄，下三皇、外三关等，均为三穴并列，跨越身体某一区段，此乃董氏奇穴一大特色，尤其在治疗脏腑病变时，多在大腿部取组合穴施治，其临床效应之快捷，非传统经穴可比。如通关、通山、通天三穴组合称为三通穴，治疗心脏疾患以及各种心血管系统疾病均有特效。
(3) 命名朴素：董氏奇穴之命名，朴素直观，容易掌握。如正筋、正会、肩中（以部位命名）；木火、水金、土昌（以五行命名）; 明黄、天黄、肺心（以五脏命名）; 妇科、眼黄、肝门（以主治命名）。(4）正经奇穴：董公历来提倡董氏奇穴乃“正经奇穴”，正因为对十四经穴有深入的研究，才会独创数百奇穴，董氏奇穴与十四经穴有很深的渊源。杨师在十四经穴方面也有极高的造诣，尤其是对五输穴的应用发挥，更是出神入化，妙趣横生。恩师常常告诫：“要想精于董氏奇穴，必须读通《灵枢》，董氏门生不可不知。”董氏奇穴看似繁杂，却有其内在规律可遵循，易于掌握。杨师常说：“真正悟透了董氏奇穴之精神，常用奇穴二、三十个足矣。”
